به منظور تقویت روحیه پژوهش در دانش­ پژوهان مؤسسه و نیز پاسخ­گویی روشمند، به روز و کارآمد به نیازهای علمی در حوزه مطالعات اسلامی در سطح جهان معاونت پژوهش مؤسسه در زمینه ­های ذیل فعالیت می‌نماید:

  • حمایت از فعالیت‌ها و پروژه‌های پژوهشی:

در این زمینه علاوه بر فعالیت‌های پژوهشی که توسط این معاونت و یا با اشراف آن انجام می‌شود، آثاری از دانش­ پژوهان که در نشریات علمی- پژوهشی و یا علمی- ترویجی منتشر شده است، مورد تشویق قرار می‌گیرد.

  • انتشار مجله SPIRITUAL QUEST به زبان انگلیسی:

این نشریه علمی- پژوهشی به زبان انگلیسی به صورت دو فصلنامه منتشر می‌شود. این نشریه تنها مجله تخصصی در زمینه اخلاق و معنویت اسلامی به زبان انگلیسی است كه به موضوعات نظری و كاربردی در حوزه مطالعات اخلاقی می­ پردازد.

  • ترجمه میراث فاخر اسلامی:

مؤسسه در صدد است برخی از این آثار -به ویژه آنهایی که با رویکرد اخلاقی می‌باشند- را به زبان انگلیسی ترجمه نماید. هم اکنون بخشی از کتاب جامع السعادات ترجمه شده و در نشریه SPIRITUAL QUEST به چاپ رسیده است. همچنین از آثار علمی بزرگان حوزه در حال ترجمه می‌باشد.

  • تجهیز و غنی سازی کتابخانه چاپی و دیجیتال:

موسسه موفق شده است حدود 1000 جلد از آثار انگلیسی درباره موضوعات اسلامی و مطالعات دینی را جمع­ آوری کرده و در اختیار دانش­ پژوهان قرار دهد. در کنار آثار انگلیسی، تعدادی از کتاب های مرجع به زبانهای فارسی و عربی نیز تهیه شده است.همچنین کتابخانه دیجیتالی بزرگی به زبان های انگلیسی، عربی و فارسی فراهم نموده و پس از رده ­بندی استاندارد و فهرست‌نویسی، در اختیار ایشان قرار داده است.

  • ارتباطات علمی و دینی بین المللی:

به منظور آشنایی دانش­ پژوهان و کادر علمی موسسه با مراکز علمی، دینی و فرهنگی خارج از کشور و اطلاع از آخرین روش­ها و مباحث مطرح در حوزه مطالعات ادیان به طور عام و مطالعات اسلامی به طور خاص در سطح جهان، ارائه منطقی و موثر دیدگاه اسلامی، معرفی حوزه ­های علمیه و تثبیت جایگاه علمی مؤسسه و نیز فارغ التحصیلان آن در مراکز دینی و آکادمیک دنیا، مؤسسه در زمینه های ذیل فعالیت ‌می ­نماید:

  • آشنایی با مراکز علمی، دینی و فرهنگی خارج از کشور: به منظور آشنایی دقیق با نیازها و شرایط موجود در کشورهای گوناگون، تاکنون از سوی مؤسسه، چندین اعزام فردی و گروهی صورت گرفته است. بازدید از مراکز علمی و فرهنگی، ارتباط با مراکز و شخصیت‌های اثر گذار و معرفی توان آموزشی و پژوهشی مؤسسه بخشی از اهداف این اعزام‌ها بوده است. تاکنون قاره های آفریقا، آسیا، اروپا و آمریکای شمالی مقصد این سفرها بوده است.
  • برگزاری دوره‌های آموزشی در خارج از کشور: مؤسسه با توجه به نیازهای علمی و آموزشی کشورهای گوناگون در حوزه مطالعات اسلامی اقدام به برگزاری کارگاه‌های فشرده‌ای با همین مضمون نموده است. شرکت‌کنندگان در این کارگاه‌ ها را عموماً مخاطبین جوان و تحصیل­کرده تشکیل می‌دهند. طراحی سرفصل­ها، متون درسی، متون جانبی اساتید و برنامه ­ریزی علمی دوره­ ها در موسسه انجام شده و سپس در کشورهای مختلف اجرا می ­شود. سطح خوب آکادمیک دوره­ ها و طراحی هدفمند و مرحله ­بندی دقیق آن، مخاطبین فراوانی را جذب کرده است. تا کنون این دوره ­ها در کشورهای گوناگونی از آفریقا، اروپا، آسیا و آمریکالی شمالی برگزار شده است.
  • حمایت و مساعدت دانش ­پژوهان جهت شرکت در همایش­های بین­ المللی: معاونت پژوهش ضمن رصد کردن همایش ­ها و نشست ­های مهم بین المللی درباره مسائل اسلامی، دینی و اخلاقی، موارد برگزیده را به اطلاع دانش ­پژوهان می­رساند و ایشان را به مشارکت و ارائه مقاله ترغیب می­نماید. در همین راستا افرادی که اثر علمی ­شان برای ارائه در این همایش­ها پذیرفته شود، به نحو مقضی مورد حمایت و مساعدت مؤسسه قرار می­گیرند. تا کنون با حمایت ­های مؤسسه، تعدادی از دانش­پژوهان در همایش­ های برگزار شده در کشورهای آمریکا، انگلستان، ایتالیا، اسپانیا، اتریش،‌ روسیه و ژاپن شرکت کرده اند.
  • برگزاری یا شرکت در نشست­ های مربوط به گفتگوی ادیان در داخل و خارج از کشور: نشست­ و گفتگو با پیروان دیگر ادیان و مذاهب، پیوسته مورد اهتمام مؤسسه بوده است. از باب نمونه، می توان به برگزاری  پنجمین دوره گفتگوهای دینی شیعه و کاتولیک با حضور علماء و دانشمندان شیعی و هیئت عالی رتبه­ ای از راهبان بندیکت جهان از ایتالیا، آلمان، فرانسه، بلژیک، هلند، انگلستان، کنیا و آمریکا توسط مؤسسه  یا مشارکت با سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی در برگزاری و میزبانی پنجمین دوره گفتگو با کلیسای کاتولیک فیلیپین اشاره نمود.